Finansų ekspertizės tyrimo sritis apima ekonominius santykius susijusius su įmonių ar valstybės (savivaldybių) finansais, kuriuose tarp šalių nustatomi norminių aktų ar sutartinių nuostatų pažeidimai, kyla ginčai. Atliekant ekspertinį tyrimą yra nustatoma:

1. Pelno (nuostolio) apskaičiavimo ir paskirstymo pagrįstumas. Įmonės ūkinės komercinės veiklos rezultatas, nustatomas pasibaigus jos finansiniams metams, yra pelnas arba nuostolis. Rengiant įmonės finansinę atskaitomybę užpildoma pelno (nuostolių) ataskaita. Joje fiksuojamos per ataskaitinį laikotarpį uždirbtos pajamos ir sąnaudos, patirtos uždirbant pajamas. Naudojama daugiapakopė forma, kurioje suklasifikuotos įvairių rūšių pajamos ir sąnaudos yra lyginamos, o grynasis pelnas apskaičiuojamas keliomis pakopomis: nustatomas bendrasis pelnas, tipinės veiklos pelnas, įprastinės veiklos pelnas, pelnas prieš apmokestinimą, grynasis pelnas. Pelno (nuostolių) ataskaita rengiama pagal įmonės buhalterinės apskaitos registrų ir sąskaitų duomenis, atsižvelgiant į galiojančią pajamų ir sąnaudų pripažinimo tvarką, įmonės patvirtintą apskaitos politiką. Ekspertas,  nustatydamas pelno apskaičiavimo teisingumą tikrina, ar visos ataskaitinio laikotarpio pajamos pagal apskaitos dokumentus ir faktinius duomenis įtrauktos į apskaitą ir pavaizduotos finansinėje atskaitomybėje, ar pajamos teisingai suklasifikuotos. Įmonės patirtos sąnaudos apskaitoje turi būti siejamos su uždirbtomis pajamomis. Ekspertas nustato, ar sąnaudos grindžiamos teisingai įformintais apskaitos dokumentais, kaip laikomasi sąnaudas ribojančių dydžių normatyvų, kaip sąnaudos grupuojamos, ar tinkamo laikotarpio sąnaudos įtraukiamos į atskaitomybę. Pajamų ir sąnaudų dydžių tikslus nustatymas ir klasifikavimas lemia teisingą pelno mokesčio apskaičiavimą. Pagal tvarkomą pajamų ir sąnaudų apskaitą ekspertas sprendžia, ar galima nustatyti įmonės ūkinės komercinės veiklos rezultatus.

Visuotinis akcininkų susirinkimas, patvirtinęs metinę finansinę atskaitomybę, turi paskirstyti bendrovės pelną (nuostolius). Ekspertas pagal norminių aktų reikalavimus, įmonės apskaitos politiką nustato, ar pelnas (nuostoliai) skirstomas ir dividendai mokami pagal nurodytus reikalavimus. Visuotinio akcininkų susirinkimo sprendime paskirstyti bendrovės pelną (nuostolius) nurodoma: esamas pelno dydis, įnašai nuostoliams dengti, pervedimai į (iš) rezervus, pelno dalis dividendams, išmokoms, nepaskirstytasis pelnas. Ekspertas tiria nuosavo kapitalo pokyčių ataskaitą, sąskaitų duomenis, ar teisingai formuojamas privalomasis rezervas, ar neviršytos metinės išmokos, skirtos tantjemoms, premijoms darbuotojams. Įmonės administracija negali siūlyti akcininkams priimti sprendimo dėl pelno skirstymo ir dividendų mokėjimo, jei išmokėjus dividendus įmonė taptų nemoki, sumažėtų bendrovės įstatinis kapitalas. Ekspertas gali nustatyti, ar laikomasi įstatymo sąlygų paskiriant dividendus, ar tiksliai išmokėti dividendai akcininkams, ar teisingai sudaryta ir užpildyta nuosavo kapitalo pokyčių ataskaita, kurioje turi būti pateikiami šie duomenys: turto vertės padidėjimas, nepripažintas pelnas, grynasis pelnas, dividendai, kitos išmokos, sudaryti, panaudoti rezervai, įstatinio kapitalo didinimas, mažinimas, įnašai nuostoliams padengti ir kita.

Pelno (nuostolio) apskaičiavimo ir paskirstymo pagrįstumui nustatyti ekspertizei turi būti pateikiami šie įmonės dokumentai:
1.1. akcininkų susirinkimo protokolai;
1.2. įmonės vadovybės sprendimai dėl pelno panaudojimo;
1.3. praėjusio ir ataskaitinio laikotarpių finansinė atskaitomybė;
1.4. apskaitos politika;
1.5. įmonės apskaitos registrai, sąskaitos;
1.6. pajamų ir sąnaudų apskaitos dokumentai: sąskaitos-faktūros, kvitai, prekių, žaliavų, paslaugų pirkimo dokumentai, buhalterinės pažymos, važtaraščiai, gamybos aktai;
1.7. inventorizacijos aprašai;
1.8. kasos dokumentai, kasos knyga, elektroninio kasos aparato kasos žurnalai.

2. Mokesčių ir mokėjimų į valstybės, savivaldybių ir socialinio draudimo biudžetus apskaičiavimo ir mokėjimo teisingumo nustatymas. Mokesčiai, mokėjimai ir įmokos sudaro valstybės, savivaldybių, socialinio ir sveikatos draudimo biudžetų ir daugelio nebiudžetinių fondų finansinį pagrindą, yra pagrindinis pajamų gavimo instrumentas. Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymas pateikia mokesčių ir mokėjimų sąrašą, kuriame yra keliasdešimt mokesčių, iš jų svarbiausius galima išskirti gyventojų pajamų, pelno, pridėtinės vertės, nekilnojamojo turto, žemės, paveldimo turto, loterijų ir azartinių lošimų mokesčius bei akcizus.

Daugelį mokesčių (pvz., pelno, PVM, akcizų) apskaičiuoja, pateikdamas mokesčio deklaraciją, ir sumoka, pervesdamas pinigines lėšas, pats mokesčių mokėtojas, tačiau kai kuriuos mokesčius apskaičiuoja mokesčių administratorius, kita įgaliota institucija, o tam tikrais atvejais išskaitytą mokestį į biudžetus ar fondus perveda ne pats mokesčio mokėtojas.

Ekspertas nustato, kokio dydžio mokestį turėjo sumokėti ūkio subjektas, kaip jis vykdė mokestines prievoles: ar laiku pateikta mokesčio deklaracija, tiksliai apskaičiuotas ir apskaitoje parodytas mokestis, jis laiku sumokėtas, tačiau ekspertas nevykdo mokesčių administravimo funkcijos ir neskaičiuoja su mokesčių įstatymų pažeidimais susijusių ekonominių sankcijų, nesprendžia klausimų dėl mokesčių atidėjimo galimybių, mokestinės paskolos sutarties sudarymo. Finansų ekspertizė dažniausiai sprendžia, ar pelno, pajamų, akcizai, pridėtinės vertės mokesčiai pagrįstai apskaičiuoti ir sumokėti. Kartu su darbo ekonomikos ekspertize nustatomas pajamų, įmokų į garantinį fondą, socialinio draudimo įmokų apskaičiavimo ir mokėjimo pagrįstumas kiek jis susijęs su darbo užmokesčio pajamomis. Tyrimas pagal kiekvieną mokestį turi būti atliekamas atskirai, todėl tikslinga ekspertui nurodyti kokio laikotarpio ir kokių konkrečių mokesčių apskaičiavimo ir mokėjimo teisingumą tirti.

Mokesčių ir mokėjimų į valstybės, savivaldybių, socialinio draudimo biudžetus ir finansinius fondus apskaičiavimo ir mokėjimo teisingumui nustatyti ekspertizei turi būti pateikiami šie įmonės dokumentai:
2.1. mokesčių, muitų, įmokų deklaracijos, patvirtintos duomenų pateikimo formos;
2.2. mokestinės paskolos sutartys;
2.3. mokėjimo dokumentai: mokėjimo pavedimai, kvitai, banko išrašai;
2.4. buhalterinės apskaitos dokumentai: pajamų dokumentai, sąnaudų dokumentai, su darbo santykiais susijusių sumų mokėjimo dokumentai, aplinkos taršos apskaitos dokumentai, kiti apskaitos dokumentai;
2.5. buhalterinės apskaitos registrai;
2.6. finansinė atskaitomybė;
2.7. kitų institucijų duomenys mokesčiams apskaičiuoti.

3. Fizinių ir juridinių asmenų tarpusavio atsiskaitymo operacijų pagrįstumo nustatymas. Pirkdamos prekes, paslaugas, turtą, žaliavas, nuomodamos patalpas ar įrengimus, samdydamos darbuotojus įmonės ir gyventojai privalo sumokėti. Mokėjimas - mokėtojo lėšų perdavimas gavėjui tiesiogiai grynaisiais pinigais arba negrynųjų pinigų pervedimais per pasirinktas kredito įstaigas. Pervedant lėšas mokėtojas ir gavėjas gali būti tas pats asmuo. Lėšos apima tiek grynuosius, tiek negrynuosius pinigus. Ekonominių santykių, iš kurių atsiranda mokėjimo prievolė, ir pačių mokėjimų (atsiskaitymų) mechanizmų sudėtingumas lemia fizinių ir juridinių asmenų ginčus dėl atsiskaitymo operacijų pagrįstumo.

Šiuolaikiniai mokėjimai neretai susiję su kreditavimo operacijomis, gaunamomis paskolomis, lizingu, faktoringu, elektroniniais pinigais, tarptautinėmis mokėjimų ir atsiskaitymų sistemomis, todėl sprendžiant sudėtingus atsiskaitymo operacijų klausimus skirtina kompleksinė finansų-bankininkystės ekspertizė.

Sutartys ar teisės aktai nustato gyventojų ar įmonių gaunamų paslaugų ar prekių kainas, pagal kurias ekspertas atsižvelgdamas į suteiktų paslaugų ar prekių apimtį gali nustatyti įsiskolinimo dydį. Mokėjimas gali būti atliekamas įvairiai, o ekspertas nustato, kaip jis įformintas, kada atliktas, už kokias prekes ar paslaugas, pagal kokią sutartį, kokia neapmokėta ar permokėta dalis pasiliko po atlikto mokėjimo. Ekspertas taip pat nustato, ar mokėjimas atliktas sutartyje ar teisės aktuose nurodytais terminais, kokia galima delspinigių suma, kokias ekonomines sankcijas už ne laiku atliktą ar neatliktą mokėjimą numato susitarimai.

Analizuodamas atskirų mokėjimų visumą ekspertas gali nustatyti įmonių ir gyventojų skolų dydžius, jų buhalterinę apskaitą ir atvaizdavimą finansinėje atskaitomybėje. Jei įmonės inventorizuoja savo turimus debitorinius ar kreditorinius įsiskolinimus, tai kasmet sudaromi tarpusavio įsiskolinimo suderinimo aktai.

Atskirai teisės aktai apibrėžia darbo užmokesčio ir su juo susijusių išmokų mokėjimą, žemės ūkio produkcijos supirkimą, bankrutuojančių įmonių mokėjimus. Darbo užmokestis darbuotojams turi būti mokamas du kartus per mėnesį ar vieną kartą, esant raštiškam darbuotojo prašymui. Ekspertas nustato, ar visa apskaičiuota darbo užmokesčio suma sumokėta darbuotojui ar pervesta negrynaisiais pinigais. Nustatoma, kiek vėluoja darbo užmokestis, koks delspinigių dydis priklauso. Žemės ūkio produkcija perkama pagal sudarytą sutartį, o atsiskaitymo terminus riboja Vyriausybė. Bankrutuojančių įmonių mokėjimai atliekami keliais etapais pagal teismo nustatytą kreditorių sąrašą, laikantis mokėjimo eiliškumo.

Ekspertas esant būtinybei nustato, ar piniginių lėšų užtenka visiems mokėjimams atlikti, ar mokesčiai nesumokėti dėl įmonės mokumo problemų,ar pagal norminiuose aktuose nustatytą eiliškumą atliekami mokėjimai.

Fizinių ir juridinių asmenų tarpusavio atsiskaitymų operacijų pagrįstumui nustatyti ekspertiniam tyrimui turi būti pateikiami šie dokumentai:
3.1. sutartys, taisyklės, norminiai aktai;
3.2. prekių ir paslaugų suteikimo dokumentai;
3.3. mokėjimo dokumentai;
3.4. kredito ir finansų įstaigų išrašai iš sąskaitų;
3.5. piniginių lėšų apskaitos registrai;
3.6. finansinė atskaitomybė.

4. Biudžeto lėšų naudojimo pagrįstumo nustatymas. Valstybės ir savivaldybės biudžetų lėšas asignavimų valdytojai naudoja griežtai pagal paskirtį savo vadovaujamos institucijos programoms vykdyti ar jas perveda pavaldžioms institucijoms jų veiklai bei programoms vykdyti ir uždaviniams įgyvendinti. Lėšos naudojamos pagal nustatytas ir patvirtintas sąmatas bei patvirtintą biudžetą.